Éplucher et émincer les oignons, peler et couper les gousses d'ail en lamelles. Faire chauffer 2 cuillerées à soupe d'huile dans une sauteuse, y mettre les oignons, l'ail, saler. Faire cuire à feu doux pendant environ 15 minutes en tournant souvent.
Allumer le four sur 180 °C. Étaler la pâte en rectangle sur la plaque du four couverte de papier cuisson, y répartir oignons et ail. Ajouter le thym, napper de l'huile restante.
Enfourner pour une vingtaine de minutes, jusqu'à ce que la pâte soit gonflée et dorée. Ajouterla mozzarella coupée en fines rondelles, remettre au four 5 minutes.
À la sortie du four, poivrer, poser dessus les tranches de jambon, parsemer de roquette, découper en parts et servir sur-le-champ.